Toneelhuis ontstond in 1998 als een fusie tussen het Antwerps gezelschap KNS (Koninklijke Nederlandse Schouwburg) en de Gentse Blauwe Maandag Compagnie. Deze laatste was een zeer succesvolle groep acteurs die in de marge van het gevestigde theater werkten, en aangevoerd werden door artistiek leider Luk Perceval. De KNS, stevig geworteld in Antwerpen sinds 1853, werd aan het eind van de twintigste eeuw geconfronteerd met een publiek dat een vernieuwender en verfrissender aanpak vroeg dan de eerder conservatieve producties die op dat moment in het theater werden getoond. In 1998 besloten de twee gezelschappen om de krachten te bundelen, en uit de voormalige KNS en de Blauwe Maandag Compagnie ontstond Het Toneelhuis. Luk Perceval werd aangesteld tot artistiek leider en werd zo de drijvende kracht achter het pasgeboren gezelschap. Zijn verfrissende, soms drastische artistieke keuzes poetsen het stoffige imago van het voormalige gezelschap onmiddellijk op.
Na zes productieve seizoenen gaf Perceval in juni 2005 de fakkel over aan Josse De Pauw, die van het Toneelhuis één jaar lang zijn huis maakte, met voorstellingen van o.a. Eric De Volder, Frank Theys, Peter Krüger, Marc Didden, Tom Jansen, Lotte van den Berg en Peter Seynaeve.

Na ‘het jaar van Josse’ leidde regisseur Guy Cassiers het huis van 2006 tot 2022. Vanaf dat moment definieert Toneelhuis zichzelf als een ‘ensemble van makers’. De onderlinge artistieke verschillen tussen de makers en de aanwezigheid van verschillende artistieke disciplines vormen de creatieve motor van het huis. Die veelheid werd in de loop van de jaren gegarandeerd door makers als Guy Cassiers, Benjamin Verdonck, Olympique Dramatique, Peter Missotten, Bart Meuleman, Abke Haring, Sidi Larbi Cherkaoui, Lotte van den Berg, Wayn Traub, Mokhallad Rasem, Lisaboa Houbrechts en FC Bergman.

Sinds 2022 is Toneelhuis niet alleen artist driven, maar ook een collectief gedragen organisatie. De artistieke kern van het huis bestaat uit acht theatermakers: Stef Aerts, Thomas Verstraeten en Marie Vinck van FC Bergman, Tom Dewispelaere en Stijn Van Opstal van Olympique Dramatique, Lisaboa Houbrechts, Benjamin Abel Meirhaeghe en Görges Ocloo. De vaste makers delen de artistieke directie en zijn verantwoordelijk voor alle aspecten van het artistieke beleid. Dit gezamenlijke leiderschap over een groot theater is uniek, ook in internationaal opzicht. Met zijn intergenerationele, diverse en collectieve leiding speelt Toneelhuis een internationale voortrekkersrol. Artistieke meerstemmigheid is het hart van de werking.